Préserver et gérer les milieux aquatiques

Le bassin versant est riche d'un patrimoine naturel remarquable à l'échelle européenne (20 % du territoire est classé en espaces naturels remarquables), principalement sur la partie aval du bassin versant. Ces espaces présentent un patrimoine riche et varié aussi bien en termes d'habitats que d'espèces. Principalement localisés au contact de la frange littorale, ces espaces subissent une pression grandissante principalement en lien avec le développement de l'urbanisation et des infrastructures.

Bien que constitués de milieux variés (marais, estuaires, dunes, forêts), les espaces naturels remarquables du périmètre du SAGE sont en grande partie constitués de zones humides sous l'influence des apports amont (gestion hydraulique, flux en nutriments).

Les contextes piscicoles du bassin versant, dont l'espèce repère est le brochet, sont perturbés. La gestion hydraulique sur les marais ne permet pas l'accomplissement du cycle complet de reproduction de cette espèce (assèchement précoce des frayëres). Les cours d'eau du bassin versant sont classés en cours d'eau migrateurs pour l'anguille. Le nombre très important d'ouvrages hydrauliques sur les cours d'eau perturbe la montaison de l'espèce malgré l'installation progressive de passes.

Des espèces végétales et espèces animales exotiques envahissantes sont présentes sur l'ensemble du bassin.

Les plantes aquatiques exotiques se développent dans les marais, plans d'eau, ou chevelu hydrographique secondaire ou tertiaire présents sur le bassin. Ces milieux aux eaux stagnantes ou peu courantes rassemblent les conditions nécessaires au développement de ces plantes. De plus, les capacités d'adaptation de ces végétaux aux diverses variations des conditions physiques (température, niveaux d'eau, ...), leur fort potentiel de reproduction (bouturage) et l'absence d'espèces compétitives et de prédateurs permettent et favorisent le développement et l'envahissement de ces espèces. Des espèces exotiques terrestres se développent également en zone de marais, friche, remblais.

Les zones marécageuses sont également un milieu propice au développement d'espèces animales envahissantes, comme le ragondin, rat musqué, écrevisse de Louisiane... Fortes d'un succès de reproduction élevé et en l'absence de prédateurs, ces espèces ont envahi l'ensemble du bassin (seule l'écrevisse reste aujourd'hui cantonnée dans les marais de Soullans).

Sur le bassin, un inventaire de l'ensemble des zones humides a été réalisé en interne par le Syndicat Mixte des Marais, de la Vie, du Jaunay et du Ligneron. Ces zones humides indispensables au maintien du bon état écologique des cours d'eau et des milieux aquatiques, sont aujourd'hui menacées par des aménagements urbains ou agricoles susceptibles des les assécher. Le SAGE vise donc une protection de ces espaces.