Le diagnostic du bassin versant, établi dans le cadre de l'élaboration du SAGE, a mis en lumière trois problématiques majeures qui soutendent la gestion de l'eau du bassin :
La gestion quantitative de l'eau
La gestion qualitative de l'eau
Préserver et gérer les milieux aquatiques
Agir simultanément sur ces problématiques permet de répondre globalement aux enjeux qui se posent localement.

La gestion d'un bassin versant est complexe, elle doit tenir compte de l'ensemble des milieux aquatiques présents (marais, cours d'eau, zones humides, littoral...) et des usages existants (agriculture, pêche, population sédentaire et touristique,...)