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Secteur aval des deux retenues
Le secteur aval draine une surface d'environ 310 km². Il se caractérise tout d'abord par sa diversité de milieux. Le Ligneron s'écoule sur environ 30 km en secteur de bocage avec une morphologie de cours d'eau, jusqu'à sa confluence avec la Vie en amont du barrage des Vallées. Il évolue de l'amont vers l'aval en un marais doux exploité suivi d'un marais salé. Le marais doux est influencé indirectement par le rythme des marées et la gestion des ouvrages.